V-たことがある (have done such and such)

V-た (Past Plain Form)+ことがある expresses one's (past) experience.

For instance, consider the following:

• 日本に行ったことがあります。
  (I've been to Japan.)
• てんぷらは、食べたことがありますが、すしは、食べたことがありません。
  (I've had Tempura, but haven't had Sushi.)

Q: すしを食べたことがありますか。
A: はい、食べたことがあります。/はい、あります。

Q: 日本へ行ったことがありますか。
A: はい、行ったことがあります。/はい、あります。

DON'T USE ことがあります for answering 'yes'. For instance, the following response is bad.

Q: すしを食べたことがありますか。
A:*はい、ことがあります。

If your answer is 'no', you can use either 「(まだ)V-たことはありません」
or 「いいえ、まだです。」.

Q: すしを食べたことがありますか。
A: いいえ、食べたことはありません。/いいえ、まだです。

Q: 日本へ行ったことがありますか。
A: いいえ、(まだ)行ったことはありません。/いいえ、まだです。

Note that English 'have+V-ed' form carries different functions. For instance, the sentence, "John has gone", means that John already left and he is no longer here. Japanese V-たことがある, on the other hand, concerns only one's past experience.
So, the corresponding Japanese sentence, 「ジョンは、日本へ行ったことがある」, simply means that John has the past experience of going to Japan, and the sentence don't imply that John is no longer here.