以下就是標準模型所遇到的問題:

A. 標準模型不能解釋為什麼有電磁力, 弱作用力, 強作用力, 以及重力的存在.

B. 標準模型是建立在場論的基礎上面. 原則上, 在數學上可能的量子場論模型有無限多種, 我們甚至可以自行創造我們想要的基本粒子, 來描述一個我們所幻想的宇宙. 

而大自然選擇了標準模型, 選擇了電子, 夸克等這些粒子, 我們不能解釋為什麼大自然做了這樣的選擇, 也就是說, 標準模型無法解釋為什麼會有這些基本粒子.

C. 標準模型雖然成功的描述了電磁力, 弱作用力, 以及強作用力, 但是在量子重力理論上卻是完全失敗的. 因此標準模型沒有辦法解釋重力的量子現象, 目前對於重力的描述只有古典的廣義相對論.

D. 標準模型也無法解釋為什麼時空是四維的. 以及我們的空間必須是幾維的.