MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies (from file `memechip_example_output_files/background'): A 0.25600 C 0.24400 G 0.24400 T 0.25600 MOTIF 1 WGGGTGTGGYYS-MEME-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 225 E= 3.4e-225 0.437831 0.002169 0.099947 0.460053 0.010027 0.001084 0.987751 0.001138 0.005582 0.009973 0.974418 0.010027 0.001138 0.001084 0.992196 0.005582 0.017778 0.191111 0.000000 0.791111 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.017778 0.013333 0.288889 0.680000 0.084444 0.004444 0.897778 0.013333 0.063360 0.072196 0.805529 0.058916 0.018916 0.609973 0.032196 0.338916 0.161138 0.338862 0.147751 0.352249 0.125582 0.325529 0.387751 0.161138 MOTIF 2 MA0493.1-Klf1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 526 E= 0.0e+000 0.285165 0.144506 0.384003 0.186325 0.317478 0.076078 0.579784 0.026660 0.127400 0.752755 0.060872 0.058972 0.024759 0.876306 0.000046 0.098889 0.767964 0.224339 0.000046 0.007652 0.000049 0.999856 0.000046 0.000049 0.760360 0.000046 0.184422 0.055171 0.000049 0.999856 0.000046 0.000049 0.000049 0.999856 0.000046 0.000049 0.000049 0.965642 0.000046 0.034263 0.532266 0.066574 0.000046 0.401113 MOTIF 3 MA0039.2-Klf4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 4340 E= 0.0e+000 0.338559 0.018686 0.235701 0.407054 0.020281 0.002080 0.976250 0.001388 0.003229 0.002999 0.990775 0.002999 0.003227 0.008287 0.984800 0.003687 0.063697 0.441936 0.002535 0.491832 0.005070 0.003459 0.983639 0.007833 0.009677 0.018425 0.501721 0.470177 0.060877 0.010611 0.899685 0.028827 0.028405 0.030021 0.874841 0.066732 0.058747 0.660952 0.064759 0.215542 MOTIF 4 MCRCCCW-DREME-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 443 E= 5.8e-059 0.613995 0.386005 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.697517 0.000000 0.302483 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.503386 0.000000 0.000000 0.496614 MOTIF 5 MA0036.2-GATA2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 4380 E= 0.0e+000 0.358217 0.129455 0.172148 0.340181 0.256849 0.175344 0.390180 0.177628 0.355021 0.166440 0.278538 0.200001 0.239954 0.119866 0.097492 0.542687 0.007312 0.241324 0.174660 0.576705 0.002061 0.688346 0.208677 0.100917 0.000006 0.043841 0.000006 0.956148 0.011650 0.000006 0.000006 0.988339 0.999983 0.000006 0.000006 0.000006 0.000006 0.000006 0.000006 0.999983 0.000006 0.999983 0.000006 0.000006 0.279679 0.000006 0.000006 0.720309 0.023749 0.402964 0.449082 0.124204 0.286757 0.270547 0.051146 0.391550 MOTIF 6 MA0599.1-KLF5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 13611 E= 0.0e+000 0.104990 0.148631 0.556313 0.190067 0.000002 0.874288 0.000002 0.125708 0.000002 0.882223 0.000002 0.117773 0.255455 0.703031 0.000002 0.041513 0.000002 0.999994 0.000002 0.000002 0.371096 0.000002 0.380720 0.248182 0.000002 0.999994 0.000002 0.000002 0.000002 0.999994 0.000002 0.000002 0.000002 0.965023 0.000002 0.034974 0.287635 0.411064 0.000002 0.301300 MOTIF 7 TTATCW-DREME-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 6 nsites= 281 E= 5.7e-041 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.430605 0.000000 0.000000 0.569395 MOTIF 8 VWGATAAR-MEME-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 176 E= 7.4e-025 0.211682 0.376386 0.308205 0.103727 0.573864 0.017045 0.000000 0.409091 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.279864 0.183205 0.518432 0.018500 MOTIF 9 MA0035.3-Gata1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 17955 E= 0.0e+000 0.113340 0.240657 0.140909 0.505095 0.028183 0.356780 0.155500 0.459537 0.000001 0.828123 0.024340 0.147537 0.000001 0.038820 0.000001 0.961177 0.000001 0.000001 0.000001 0.999996 0.999996 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.000001 0.999996 0.000001 0.999996 0.000001 0.000001 0.120636 0.000001 0.000001 0.879362 0.139349 0.343413 0.372430 0.144807 0.105041 0.282484 0.089001 0.523474 MOTIF 10 MA0300.1-GAT1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.128840 0.435453 0.188175 0.247533 0.170086 0.419824 0.050194 0.359896 0.000256 0.000244 0.999245 0.000256 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.000256 0.000244 0.000244 0.999257 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.030529 0.091062 0.847881 0.030529 MOTIF 11 MA0140.2-TAL1::GATA1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 4955 E= 0.0e+000 0.224824 0.411299 0.195157 0.168720 0.041578 0.162868 0.032093 0.763461 0.064182 0.000005 0.000005 0.935808 0.999985 0.000005 0.000005 0.000005 0.000005 0.000005 0.000005 0.999985 0.000005 0.999985 0.000005 0.000005 0.413519 0.012719 0.011105 0.562658 0.132797 0.268618 0.446817 0.151768 0.194350 0.245005 0.251060 0.309585 0.240363 0.227447 0.306760 0.225430 0.358827 0.228052 0.199799 0.213321 0.209486 0.249647 0.345508 0.195359 0.272856 0.230474 0.295862 0.200808 0.380421 0.208477 0.165491 0.245610 0.278708 0.249647 0.380219 0.091426 0.022205 0.973143 0.004647 0.000005 0.940248 0.000005 0.000005 0.059742 0.032295 0.179618 0.715227 0.072860 MOTIF 12 MA0309.1-GZF3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.180076 0.389854 0.020224 0.409846 0.000256 0.000244 0.999245 0.000256 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.000256 0.000244 0.000244 0.999257 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.729526 0.090154 0.000244 0.180076 0.039820 0.376106 0.583818 0.000256 0.389866 0.180064 0.269974 0.160096 MOTIF 13 MA0289.1-DAL80 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.109058 0.662947 0.059590 0.168405 0.000256 0.000244 0.999245 0.000256 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.000256 0.000244 0.000244 0.999257 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.908439 0.010335 0.010335 0.070892 0.030226 0.190054 0.749495 0.030226 MOTIF 14 MA0270.1-AFT2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.080176 0.449794 0.269974 0.200056 0.699556 0.000244 0.299944 0.000256 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.091074 0.424062 0.272698 0.212165 MOTIF 15 MA0482.1-Gata4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 2746 E= 0.0e+000 0.003651 0.378364 0.136202 0.481784 0.000009 0.788400 0.111440 0.100152 0.000009 0.032419 0.000009 0.967563 0.000009 0.000009 0.000009 0.999973 0.985771 0.014210 0.000009 0.000009 0.000009 0.000009 0.000009 0.999973 0.000009 0.999972 0.000009 0.000009 0.199201 0.000009 0.000009 0.800781 0.000009 0.451558 0.342312 0.206120 0.218865 0.365619 0.057181 0.358335 0.140572 0.338307 0.248361 0.272759 MOTIF 16 MA0307.1-GLN3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 5 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.000256 0.000244 0.999245 0.000256 0.999257 0.000244 0.000244 0.000256 0.000256 0.000244 0.000244 0.999257 0.739516 0.000244 0.000244 0.259996 0.609646 0.000244 0.269974 0.120136 MOTIF 17 MA0037.2-GATA3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 4628 E= 0.0e+000 0.999984 0.000005 0.000005 0.000006 0.000006 0.000005 0.999984 0.000006 0.999984 0.000005 0.000005 0.000006 0.000006 0.000005 0.000005 0.999984 0.999984 0.000005 0.000005 0.000006 0.999984 0.000005 0.000005 0.000006 0.278738 0.000005 0.721252 0.000006 0.604141 0.153848 0.242005 0.000006 MOTIF 18 MA0450.1-hkb letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 32 E= 0.0e+000 0.094256 0.000760 0.561508 0.343477 0.250019 0.000760 0.748424 0.000798 0.000798 0.000760 0.997645 0.000798 0.000798 0.000760 0.997645 0.000798 0.000798 0.997645 0.000760 0.000798 0.000798 0.000760 0.997645 0.000798 0.000798 0.000760 0.094218 0.904224 0.000798 0.000760 0.966492 0.031950 0.748461 0.094218 0.063065 0.094256 MOTIF 19 MA0542.1-ELT-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 722 E= 0.0e+000 0.000035 0.149597 0.000034 0.850334 0.000035 0.598289 0.171755 0.229921 0.000035 0.000034 0.000034 0.999897 0.000035 0.000034 0.000034 0.999897 0.999897 0.000034 0.000034 0.000035 0.000035 0.000034 0.000034 0.999897 0.000035 0.999895 0.000034 0.000035 0.999897 0.000034 0.000034 0.000035 MOTIF 20 MA0199.1-Optix letter-probability matrix: alength= 4 w= 5 nsites= 27 E= 0.0e+000 0.000945 0.185402 0.000900 0.812753 0.000945 0.000900 0.997210 0.000945 0.997255 0.000900 0.000900 0.000945 0.000945 0.000900 0.000900 0.997255 0.960354 0.000900 0.037801 0.000945 MOTIF 21 GCAGTTAGGTGTGTCYTGAAGAGAWGCAG-MEME-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 29 nsites= 6 E= 2.3e-006 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.666667 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.000000 0.000000 0.166667 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.833333 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.833333 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.166667 0.666667 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.833333 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 0.166667 0.833333 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.166667 0.833333 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.333333 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.833333 0.166667 0.000000 0.833333 0.000000 0.166667 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 MOTIF 22 MA0079.3-SP1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 8734 E= 0.0e+000 0.098124 0.204488 0.489005 0.208382 0.000003 0.711582 0.073508 0.214907 0.011338 0.767454 0.000003 0.221204 0.000003 0.999991 0.000003 0.000003 0.000003 0.991633 0.000003 0.008361 0.155600 0.000003 0.529422 0.314975 0.000003 0.999991 0.000003 0.000003 0.000003 0.999991 0.000003 0.000003 0.000003 0.764707 0.000003 0.235287 0.120680 0.727839 0.000003 0.151478 0.074653 0.568922 0.084041 0.272384 MOTIF 23 MA0443.1-btd letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 30 E= 0.0e+000 0.465967 0.100478 0.233368 0.200186 0.333076 0.000811 0.665263 0.000850 0.133741 0.000811 0.598817 0.266632 0.067296 0.000811 0.931043 0.000850 0.000850 0.000811 0.997488 0.000850 0.000850 0.000811 0.997488 0.000850 0.067296 0.931043 0.000811 0.000850 0.000850 0.000811 0.997488 0.000850 0.000850 0.000811 0.665263 0.333076 0.499189 0.034033 0.333036 0.133741 MOTIF 24 MA0334.1-MET32 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.339916 0.459784 0.100144 0.100156 0.110146 0.050194 0.769475 0.070186 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.938711 0.030516 0.000244 0.030529 0.000256 0.989255 0.000244 0.010246 0.639616 0.150094 0.120124 0.090166 MOTIF 25 MA0333.1-MET31 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.376118 0.099155 0.376106 0.148622 0.204134 0.285672 0.306060 0.204134 0.138731 0.138719 0.178284 0.544266 0.000256 0.000244 0.999245 0.000256 0.000256 0.000244 0.000244 0.999257 0.000256 0.000244 0.999245 0.000256 0.000256 0.000244 0.999245 0.000256 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.101165 0.000244 0.696517 0.202074 MOTIF 26 MA0516.1-SP2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1686 E= 0.0e+000 0.094909 0.150065 0.609705 0.145321 0.023146 0.481006 0.152437 0.343411 0.030855 0.822030 0.000607 0.146507 0.000015 0.995803 0.004166 0.000015 0.000015 0.974453 0.000014 0.025518 0.103212 0.000014 0.759162 0.137611 0.000015 0.999955 0.000014 0.000015 0.000015 0.982162 0.000014 0.017808 0.000015 0.657152 0.000014 0.342818 0.122191 0.709343 0.000014 0.168451 0.068220 0.575899 0.058730 0.297151 0.110922 0.328583 0.192767 0.367727 0.134052 0.425256 0.237841 0.202850 0.135238 0.470924 0.241993 0.151845 0.120411 0.441862 0.250297 0.187430 MOTIF 27 MA0545.1-HLH-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 381 E= 0.0e+000 0.186370 0.364797 0.388413 0.060418 0.803006 0.057792 0.139136 0.000067 0.758398 0.039424 0.188990 0.013187 0.000067 0.999802 0.000064 0.000067 0.999805 0.000064 0.000064 0.000067 0.178498 0.034176 0.779387 0.007939 0.060418 0.692795 0.031552 0.215234 0.000067 0.007936 0.000064 0.991933 0.000067 0.000064 0.999802 0.000067 0.254593 0.196862 0.202111 0.346433 0.000067 0.684923 0.057792 0.257218 MOTIF 28 MA0425.1-YGR067C letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 100 E= 0.0e+000 0.356336 0.237630 0.267304 0.138731 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.000256 0.989255 0.000244 0.010246 0.000256 0.999245 0.000244 0.000256 0.010246 0.989255 0.000244 0.000256 0.409846 0.000244 0.309934 0.279976 0.000256 0.979265 0.010234 0.010246 0.267316 0.257413 0.168393 0.306880 0.230026 0.259984 0.200044 0.309946 0.240016 0.259984 0.200044 0.299956 0.250006 0.240004 0.249994 0.259996 0.250006 0.220024 0.259984 0.269986 0.220036 0.259984 0.259984 0.259996 0.257425 0.237630 0.257413 0.247533 MOTIF 29 MA0204.1-Six4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 6 nsites= 20 E= 0.0e+000 0.001274 0.001214 0.001214 0.996299 0.001274 0.001214 0.996239 0.001274 0.996299 0.001214 0.001214 0.001274 0.001274 0.349473 0.200219 0.449035 0.996299 0.001214 0.001214 0.001274 0.051025 0.946488 0.001214 0.001274 MOTIF 30 MA0531.1-CTCF letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1902 E= 0.0e+000 0.160888 0.460557 0.211884 0.166672 0.164569 0.603030 0.115149 0.117252 0.240274 0.201369 0.434270 0.124087 0.355410 0.412189 0.184020 0.048381 0.135127 0.375387 0.045751 0.443733 0.806490 0.000539 0.100954 0.092017 0.106212 0.000013 0.893762 0.000013 0.518913 0.000013 0.479483 0.001590 0.001065 0.002116 0.163516 0.833303 0.000013 0.000013 0.999960 0.000013 0.001065 0.000013 0.868526 0.130396 0.065205 0.864846 0.001590 0.068359 0.000539 0.000013 0.950016 0.049433 0.041546 0.795975 0.004219 0.158259 0.121458 0.406405 0.075719 0.396418