The Jacks Lab
protocols

miR-106a~363 (chromosome X locus)

 

Reaction Mix (25ul):

Tail DNA 2.0ul
NTPs 0.5ul
10x PCR buffer 2.5ul
AV 63 0.05ul
AV 64 0.05ul
AV 103 0.05ul
AV 106 0.05ul
milliQ 19.6ul
Taq (1/10) 0.2ul

 

10X PCR Buffer:

500 mM KCl
100mM Tris pH 8.3
15 mM MgCl2
1 mg/ml BSA
2 mM dNTPs
dH20

(store at -20 C)

 

PCR Primers: all used at 100um

AV 63 5' TTG CAC TCT TAA CGG AAG GC 3'
AV 64 5' AAT TGC ATC GTG TTC CAC C 3’
AV 103 5' AAA GGC TCT TTC AGT GTT TCG CCG 3'
AV 106 5’ AGC TAG CTT GGC TGG ACG TAA ACT 3’

PCR Conditions:

1. 94C 5:00
2. 94C 0:30
3. 55C 1:00
4. 72C 1:00
5. Goto 2 x34 cycles
6. 72C 5:00
7. 4C 0:00
END

Expected Bands:

WT 590bp

 

Mut KO

310bp